Molecules könnte ein echtes Killer-Tool für Chemiker sein: immer seine Molekülstrukturen zur Hand zu haben, wäre klasse. Leider erlaubt das Programm nicht, eigene Strukturen zu laden. Stattdessen ist man auf die Strukturen in der Protein Data Base "beschränkt" (was durchaus einige Tausend sind). Aber auch da gibt es Probleme: die Darstellung ist teilweise fehlerhaft (z.B. fehlende Bindungen) und – mangels Optionen – häufig unübersichtlich.